Moralträningen är den kognitiva delen i ART där man diskuterar utifrån olika problemsituationer, dilemman och frågeställningar. I vissa fall har eleven inte klart för sig om hur man bör leva eller varför den gör som den gör och hur detta påverkar andra. Den unge kan ha brister i den egna moralutvecklingen som leder till att den har ett självcentrerat tankesätt. I moralträningen får ungdomarna utrymme att resonera ur ett moraliskt perspektiv tillsammans med andra elever. Man använder sig av många olika pedagogiska verktyg för att göra lektionerna så varierade som möjligt.
När man arbetar med värderingar i moralträningen handlar det ofta om frågor utan självklara svar. Syftet är att alla i gruppen ska få tänka, ta ställning, lyssna på andras åsikter och öva sig i att uttrycka sina tankar med ord. I denna process kan även samstämmigheten mellan mina värderingar och mitt sätt att handla bearbetas, dvs. min moral och etik.